En octubre de 1994 se fundó ADUN con el fin de construir las bases de un proyecto universitario para el norte de Nicaragua; posteriormente se instalan sedes e inician operaciones -transitorias- en Jinotega (1996), Estelí y Matagalpa (1997) y Ocotal (2000).
El 22 de enero de 1999, la Junta Directiva de la ADUN entregó al Consejo Nacional de Universidades (CNU), la solicitud de autorización de la UNN a través del documento “Presentación Oficial de la Universidad del Norte de Nicaragua ante el CNU 1999”. Este es la primera acción oficial en torno a la creación de la Universidad.
El 26 de septiembre de 1999 en sesión No. 26-99, el CNU autorizó el funcionamiento de la UNN.
El 22 de noviembre del 2000, en base al Decreto de la Asamblea Nacional, A.N. No. 2716, publicado en la Gaceta No. 222, el estado de Nicaragua otorgó la personalidad jurídica a la Asociación Universidad del Norte de Nicaragua, sin fines de lucro, de duración indefinida y del domicilio en la ciudad de Estelí. El 30 de julio de 2001, a través de la Gaceta No. 143, se publica el Estatuto de la Asociación Universidad del Norte de Nicaragua.